在水族箱中诞生了四条小鱼，海底其中一条名叫伊莎贝尔的海底小鱼因外表与众不同而备受排挤。她的海底身上布满斑点且缺乏部分鳞片，这使得她成为了鱼群中的海底异类。首领瑟斯顿命令哈罗德必须将伊莎贝尔藏起来，海底否则一旦被人类发现就会把她丢进大海深处。海底然而，海底贪玩的海底伊莎贝尔最终还是被好奇的人类发现了，并与她的海底养父哈罗德一起被带进了广阔无垠的大海中。在海上的海底一场突如其来的风暴中，水族箱中的海底鱼群纷纷跌入了浩瀚的大海之中。伊莎贝尔和哈罗德暂时失散，海底但在旅途中她遇到了艾普尔，海底并结识了一群同样因为外貌缺陷而被排斥的海底奇特鱼类。艾普尔带领伊莎贝尔和她的海底新朋友们踏上了一段穿越火山险境、寻找珊瑚礁的冒险之旅。与此同时，在一片黑暗中游弋的哈罗德和海黄瓜卡尔相伴同行，却始终未能找到女儿的身影，两人都陷入了深深的失落与绝望之中。但就在伊莎贝尔即将抵达珊瑚礁之时，她惊喜地发现了珊瑚礁女王，原来这位高贵的女王竟是她失踪已久的母亲。最终，伊莎贝尔、哈罗德以及珊瑚礁女王一同欢聚一堂，共同庆祝这来之不易的家庭重逢时刻。
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